Elle affecte, dans une spécialité et une subdivision, les étudiants ayant validé le 2^e cycle et obtenu les notes minimales aux EDN et aux ECOS. Elle est organisée chaque année par le CNG, après enregistrement des points de valorisation du parcours de formation.

Elle se déroule en 3 temps :

• Saisie des vœux : un vœu = un couple spécialité × subdivision. Il est fortement conseillé d’en formuler au moins 40.
• Tours à blanc : une phase de simulation pour ajuster ses vœux avant l’affectation réelle.
• Affectation définitive : l’algorithme place chaque étudiant sur son meilleur vœu accessible compte tenu de son rang.

Il permet de changer de spécialité au sein de sa subdivision d’affectation, sous conditions :

• Au plus tard au cours du 2^e semestre de la phase 2 (phase d’approfondissement).
• Seulement vers une spécialité où des postes avaient été ouverts à l’issue des EDN de l’année où l’on a été affecté.
• La demande se fait par courrier au directeur de l’UFR, dans les deux premiers mois du semestre.
• Les stages déjà validés peuvent l’être dans la nouvelle spécialité : l’ancienneté acquise est conservée.

Pour un CESP, le changement se fait dans la limite des postes restés vacants.

Elle permet d’interrompre temporairement sa formation d’interne, sur décision du directeur du CHU de rattachement, notamment pour :

• maladie ou accident grave d’un proche ;
• études ou recherches d’intérêt général (jusqu’à 3 ans pour une thèse de doctorat) ;
• stage de formation ou de perfectionnement, en France ou à l’étranger ;
• convenances personnelles.

La durée est en général d’un an, renouvelable une fois (trois ans pour une thèse). Attention : une interruption de plus de deux mois dans un semestre entraîne la non-validation du stage, donc un semestre supplémentaire.